基础医学是研究人的生命和疾病现象的本质及其规律的自然科学。其所研究的关于人体的健康与疾病的本质及其规律为其他所有应用医学所遵循。基础医学包括解剖学和组织学、生理学、病理学、疾病学、微生物学、生化学、药理学、免疫学，这些课程设置在日本的大学里面一般是设置在医学研究科或者是药学研究科里，除了这2个研究科之外，有时也会分布在在理学研究科和理工学研究科的生物学专攻下面。